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Lo que revela el mapa genómico más completo y preciso del SARS-CoV-2

Lo diseñaron investigadores del Instituto de Tecnología de Massachusetts (MIT) y fue publicado en la revista "Nature Communications"

En una segunda parte del estudio, el equipo de investigación también analizó cerca de 2.000 mutaciones que surgieron en el coronavirus causante de la COVID-19 (EFE/EPA/Sascha Steinbach)

15 minutos. Pocos meses después de declarase la pandemia de la COVID-19, al inicio de 2020, los científicos secuenciaron el genoma del coronavirus, pero aún seguían sin conocerse muchos genes codificadores de proteínas. Ahora, un estudio permitió generar el mapa genómico más preciso y completo del SARS-CoV-2.

Hecho por investigadores del Instituto de Tecnología de Massachusetts (MIT) y publicado este martes en la revista Nature Communications, el estudio confirmó varios genes codificadores de proteínas. Además, descubrió que otros -que se habían propuesto como genes- no codificaban ninguna proteína.

"Pudimos utilizar este potente enfoque de genómica comparativa de firmas evolutivas para descubrir el verdadero contenido funcional de codificación de proteínas de este genoma de enorme importancia". Así lo destacó Manolis Kellis, autor principal del estudio, profesor de ciencias de la computación del MIT y miembro del Instituto Broad del MIT y Harvard.

Partes con genes

En una segunda parte del estudio, el equipo de investigación también analizó cerca de 2.000 mutaciones, surgidas en el SARS-CoV-2 desde el inicio de la pandemia. Ello les permitió evaluar la importancia que pueden tener esas mutaciones y su capacidad para evadir el sistema inmunitario o volverse más infeccioso.

Se sabía que, con casi 30.000 bases de ARN, el genoma del SARS-CoV-2 tiene varias regiones que codifican genes de proteínas y otras de las que había sospechas pero no se habían clasificado definitivamente.

Para determinar qué partes del genoma del SARS-CoV-2 contienen realmente genes, los investigadores recurrieron a la genómica comparativa. Compararon el SARS-CoV-2 que pertenece a un subgénero de virus llamado sarbecovirus, que infecta a los murciélagos con el SARS-CoV que causó el brote de SARS de 2003 y 42 cepas de sarbecovirus de murciélagos.

Genes codificadores

Así, confirmaron 6 genes codificadores de proteínas en el genoma del SARS-CoV-2, además de los 5 que están bien establecidos en todos los coronavirus.

También determinaron que la región que codifica un gen llamado ORF3a codifica un gen adicional, el ORF3c. Este tiene bases de ARN que se solapan con el ORF3a pero que están en un marco de lectura diferente. Se trata de algo raro en los genomas grandes, pero común en muchos virus. En el caso del SARS-CoV-2, aún no se sabe qué función tiene.

Los investigadores igualmente demostraron que otras 5 regiones que se habían propuesto como posibles genes no codifican proteínas funcionales. Asimismo, descartaron que queden otros por descubrir.

Además, los autores vieron que muchos trabajos anteriores utilizaban no solo conjuntos de genes incorrectos, sino nombres contradictorios. En este sentido, en un artículo paralelo, publicado en la revista Virology, presentaron recomendaciones para nombrar los genes del SARS-CoV-2.

Variantes peligrosas

En el estudio sobre el mapa genómico, los investigadores analizaron más de 1.800 mutaciones que surgieron en el SARS-CoV-2. Descubrieron que, en la mayoría de los casos, los genes que evolucionaban rápidamente antes de la pandemia siguieron haciéndolo. Además, los que tendían a evolucionar lentamente mantuvieron esa tendencia.

Por otra parte, analizaron las mutaciones que surgieron en variantes preocupantes, como la británica, la de Brasil y la de Sudáfrica. Observaron que muchas de las mutaciones que hacen que esas variantes sean más peligrosas se encuentran en la proteína de la espiga, que ayuda al virus a propagarse con rapidez y a evitar al sistema inmunitario.

Sin embargo, cada una de esas variantes tiene "más de 20 mutaciones más, y es importante saber cuáles de ellas pueden hacer algo y cuáles no", advirtió Irwin Jungreis, autor principal del estudio e investigador del MIT.

Para los autores, estos datos podrían ayudar a otros científicos a centrar su atención en las mutaciones que parecen tener efectos más significativos en la infectividad del virus.

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